اتحادیه به وسیله هیئت مدیره‌ای مرکب از هفت نفر عضو اصلی و دو نفر عضو علی‌البدل که به وسیله مجمع عمومی عادی از بین نمایندگان واجد شرایط شرکت‌های عضو برای مدت دو سال انتخاب می‌شوند اداره خواهد شد.بعد از اختتام دوره مأموریت هیئت مدیره تا انتخاب و تعیین هیئت مدیره جدید، کلیه مسئولیت‌ها همچنان در عهده اعضای هیئت مدیره قبلی باقی خواهد ماند.تجدید انتخاب هر یک از اعضای هیئت مدیره برای دوره‌های بعدی مدیریت اتحادیه بلا مانع است. داوطلب عضویت در هیئت مدیره باید در زمانی که دستور جلسه مجمع عادی آگهی گردید از یک هفته قبل از تشکیل مجمع درخواست داوطلبی خود را به پیوست مدارک اثباتی فوق به دبیر‌خانه اتحادیه تسلیم نماید. در صورت استعفاء از عضویت، اخراج و یا انحلال شرکت عضوی که نماینده آن در ارکان اتحادیه دارای سمتی است، مأموریت آن نماینده نیز به تبع شرکت متبوع وی منتفی و زایل خواهد شد. چنانچه نماینده معرفی شده از طرف هر یک از شرکت‌های عضو پس از انتخاب در ارکان اتحادیه به هر دلیلی از عضویت در شرکت متبوع خود خارج گردد، پس از اعلام شرکت به خودی خود از سمتی که در اتحادیه دارد معزول و هیچگونه سمتی در اتحادیه نخواهد داشت. نماینده جدید شرکت مذکور عهده‌دار همان سمت در اتحادیه نخواهد شد. سمت نامبرده به عضو علی‌البدل تفویض و یا جهت متصدی بعدی، برابر مقررات، انتخابات به عمل خواهد آمد. در صورت استعفاء و یا فوت و یا عزل نصف به اضافه یک اعضای هیئت مدیره انتخابات هیئت مدیره تجدید خواهد شد.
وظایف و اختیارات و حدود مسئولیت هیئت مدیره
هیئت مدیره نماینده رسمی و قانونی اتحادیه بوده و دارای کلیه اختیارات قانونی جهت اداره امور اتحادیه است بدون آنکه محدودیتی به عمومیت اختیارات او وارد گردد. هیئت مدیره مخصوصاً وظایف و اختیارات زیر را دارا می‌باشد:
افتتاح حساب جاری به نام اتحادیه در بانک‌های مجاز و واریز کلیه وجوهات اتحادیه و پرداخت هزینه‌ها از این حساب‌ها و در صورت لزوم تحصیل وام.
گزارش سالانه عملیات و اقدامات مالی خود به مجمع عمومی.
عقد هرگونه قرارداد و تبدیل و تغییر آن راجع به خرید و فروش و اجاره و تملک اموال منقول و غیر منقول به نام و حساب اتحادیه بدون قصد و انگیزه تجارتی در جذب و جلب منفعت.
اداره امور مالی اتحادیه که سرپرستی آن با خزانه‌دار است.
دریافت مطالبات اتحادیه و پرداخت دیون آن از اصل و بهره و متفرعات.
استخدام و عزل دبیر و کارکنان اتحادیه و تعیین شغل و حقوق و دستمزد و انعام و ترفیع و تنبیه و تعیین سایر شرایط استخدام.اقامه هر گونه دعوی و دفاع از هرگونه دعوی یا تسلیم به دعوی یا انصراف از آن اعم از حقوقی و کیفری با داشتن تمام اختیارات مراجعه به امر دادرسی از حق تجدید نظر دردادگاه‌های استان و دیوان عالی کشور، مصالحه، تعیین وکیل سازش، ادعای جعل، تعیین جاعل، استرداد سند، تعیین داور و استفاده از حقوق و تکالیف مربوط به داوری، تعیین مصدق و کارشناس، دعوی خسارت، استرداد دعوی، جلب ثالث و دفعات از دعوای ثالث، اقدام به دعوی متقابل و دفاع از آن، تأمین مدعی به، درخواست صدور برگ اجرایی و تعقیب عملیات اجرایی و جلب محکوم به در دادگاه و در ادارات و دوایر ثبت اسناد با حق انتخاب و نماینده و عزل آنها.
تبصره: در اقامه هر گونه دعوی و یا دفاع از هرگونه دعوی و همچنین تسلیم یا انصراف از آن کسب نظر اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ضروری است.
اقدام به هر نوع امر از امور که در چهارچوب قوانین و مقررات موضوعه اجرای آن از سوی مقامات دولتی ایران به اتحادیه توصیه گردد.
اقدام نسبت به کلیه اموری که طبق موازین قانون برای اداره اتحادیه و پیشرفت مقاصد و اهداف آن ضرورت داشته و در اساسنامه منع نشده باشد.
تعیین نماینده و اعزام او به کمیسیون‌های همکاری اقتصادی و فنی با رعایت شرایط مندرج در آئین‌نامه‌های مربوطه.
تهیه و تنظیم و تصویب مقررات و آیین‌نامه‌های داخلی برای اداره بهتر امور اتحادیه.
راهنمایی شرکت‌های عضو در امور اجرایی، مدیریت، مالی و مالیاتی، بیمه، مسائل قراردادی و حقوقی در صورت رجوع به اتحادیه.
تدوین بودجه برای اداره کردن اتحادیه و اخذ تصویب بودجه از مجامع مربوطه.
تهیه صورت دارایی و دیون اتحادیه پس از انقضای سال مالی و ارائه آن به بازرس و نیز تنظیم ترازنامه و حساب عملکرد‌های سال گذشته جهت ارائه به مجمع عمومی عادی.
هیئت مدیره حق دارد عضوی را که از اهداف و مقررات اساسنامه تخلف نموده و می‌نماید از عضویت در اتحادیه اخراج نماید ولی موظف است علت اخراج عضو را با ارائه دلایل و توجیهات آن برای اولین مجمع عمومی که متعاقب آن تشکیل می‌گردد گزارش نماید و تصمیم مجمع عمومی در این خصوص در تأیید اخراج یا رد آن عضو قطعی است. به هر حال عضو اخراج شده در صورت تبری هیچگونه ادعایی نخواهد داشت.
برگزاری سمینارهای تخصصی و دعوت دانشوران و فن‌آوران فرآورده‌های نفتی برای ارتقاء کیفی این فعالیت در ایران و آموزش بهتر و بیشتر اعضاء و یا نمایندگان آنها.
صدور، ظهرنویسی، قبولی، دریافت و پرداخت و واخواست اوراق و اسناد اتحادیه.
نمایندگی در قبال اشخاص حقیقی و حقوقی اعم از کلیه ادارات و مراجع رسمی دولتی و مؤسسات خصوصی.
شرایط عضویت در هیئت مدیره:
الف ـ دارا بودن تابعیت ایرانی،
ب ـ داشتن حداقل 30 سال سن،
ج ـ نداشتن محکومیت کیفری برای جرایم مالی و اخلاقی یا جرائمی که مجازات آن حدود قصاص و زندان بیشتر از یک سال باشد،
د ـ داشتن حسن شهرت،
ه ـ متدین به یکی از ادیان رسمی کشور،
و ـ دارا بودن حداقل دانشنامه لیسانس از یکی از دانشگاه‌های معتبر داخل یا خارج و پنج سال سابقه کار مرتبط و موثر در امور فرآورده‌های نفتی یا حداقل دیپلم و 15 سال کار اجرایی مرتبط و مؤثر،
ز ـ دارای معرفی‌نامه از شرکت متبوع خود که عضو اتحادیه می‌باشد.